Menschen für Menschen ist politisch und konfessionell neutral und wirtschaftlich unabhängig. Die Stiftung Menschen für Menschen Deutschland arbeitet mit den jeweils rechtlich unabhängigen Landesorganisationen in Österreich und Belgien zusammen. In die Projektarbeit in Äthiopien fließen Mittel aus allen drei Ländern.
Das zentrale Projekt-Koordinationsbüro (PCO) in Addis Abeba organisiert alle Maßnahmen in den Projektregionen, setzt sie um und überwacht sie in Abstimmung mit den Partnerorganisationen. Formell ist die äthiopische Organisation eine Betriebsstätte der deutschen Stiftung. Der österreichische Verein übernimmt für die von ihm finanzierten Projektgebiete eine zusätzliche Kontrollfunktion.
Sitz der deutschen Stiftung Menschen für Menschen ist in München. Dort arbeiten rund 25 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in den Abteilungen Vorstand und Vorstandsbüro, Fundraising & Kommunikation, Entwicklungszusammenarbeit, Einkauf und Logistik, Spenderbetreuung, Finanzen und IT.